四国スーパー特急は四国内の都市間輸送強化、および本州内都市と四国内都市を結ぶ四国新幹線計画をベースに作られている。四国新幹線は全国新幹線鉄道整備法に基づくルート決定の元、1973年に各新幹線とともに整備が決定された。四国新幹線は全線にわたりスーパー特急での整備の上、大阪~徳島間で建設される大鳴門ルートでの建設が決定された。1973年での整備決定は九州・北海道新幹線が整備決定の中、四国のみが外されることに一部の議員や四国各県や産業界が反発したため・・・とされている。しかし、他の新幹線と異なり、四国新幹線のみスーパー特急での開業となったのには本四連絡線の他ルートが影響してくる。
この時、すでに本四連絡線については国鉄が瀬戸大橋ルートでの整備を決定しており、大鳴門ルートでの建設は認めない方針を示していた。このため四国新幹線も岡山経由となり大阪や東京への所要時間が長くなる恐れがあった。そのリスクを避けるため、四国各県と国交省、国鉄と計画ルート沿線私鉄各社が容疑を重ねた結果、大鳴門ルート・スーパー特急方式での建設を推進するが、大阪~徳島は国鉄ではない会社が保有することとなってしまった。この結果大阪~徳島の保有は地元の私鉄である神戸急行電鉄(以下神急)と徳島電鉄(以下とくでん)が行うこととなった。
この2社には国から大阪~徳島の高速新線の保有・運行とともに、大阪(神戸)~淡路島~徳島の在来線建設を要求された。2社は当初この要求に反発する。しかしスーパー特急方式での運行のため、高速新線運休時の代替輸送を在来線で行うことができることを国交省は四国各県にアピールしていた。そのため建設を余儀なくされ在来線建設と高速新線の建設を国に依頼することとなった。
最終的にルートは
・大阪都心部(なんば)および新大阪~徳島 大阪四国線(神急およびとくでんの共同保有)
・徳島~高松~伊予西条~松山~大分 四国瀬戸内線
・高松~高知 四国高知線
・伊予西条~今治 今治線(予讃線の高速運転対応工事の実施)
このうち、大阪都心部は新たな新線建設は困難とし、従来私鉄線の改良工事を行うことを決定。私鉄線のターミナルでは機能不足が心配されたため、新大阪駅にも支線を伸ばすことになった。
また、九州エリアについても
・大分~由布院~博多 九州中央線
・大分~宮崎 東九州線
の2路線が四国スーパー特急に関するルートとして、
・博多~熊本~西鹿児島(現鹿児島中央) 西九州線
・博多~新鳥栖~長崎 長崎高速線
の2路線がスーパー特急方式での建設が決定された。
こうして1975年、四国エリアの各線の建設が本格的に開始された。